Der WWF Schaffhausen verfügt über eine eigene Geschäftsstelle, die von Simon Furter im Rahmen einer 50%-Stelle geleitet wird.

Zu ihrem Aufgabengebiet gehören unter anderem der Kontakt zu den Behörden und dem WWF Schweiz, die Öffentlichkeitsarbeit, Unterstützung des Vorstandes und Mitarbeit bei Projekten. Zudem ist sie die Anlaufstelle für die Mitglieder des WWF Schaffhausen.